Время фактического создания АО НПЦ «Молния» восходит к периоду начала реализации правительственных конверсионных программ, выполнение многих из которых стало возможным благодаря разработке отделом физических методов неразрушающего контроля НПО «Молния» новых методов, средств и технологий оценки технического состояния опасных производственных объектов в процессе проектирования, экспериментальной отработки, применения и анализа результатов полета орбитального космического корабля «Буран», созданного в НПО «Молния»- ведущей организации в аэрокосмической промышленности СССР.
К числу таких приоритетных конверсионных задач относится оценка технического состояния и остаточного ресурса силовой конструкции орбитальной станции «Мир», объектов военной техники, магистральных газопроводов, металлургической промышленности, железнодорожного транспорта, теплоэнергетики, строительства и т. д.

Именно в этот период был заложен фундамент НПЦ «Молния», и сформировано ядро специалистов, структура и нормативная база.

2002 год - год регистрации компании как юридического лица. Оформление полного пакета документации на производство работ- лицензирование, аккредитация компании, как экспертной организации, аттестация лабораторий, разработка и внедрение методик и инструкции оценки технического состояния опасных производственных объектов.

История компании включает партнерские отношения с такими структурами как  «РАО ЕЭС», Мэрия г. Москвы, Орско-Халиловский металлургический комбинат, Российское авиационно-космическое агентство, Министерство путей сообщения, Министерство обороны и другие.

Структура компании видоизменялась быстрыми темпами- осваивались все новые объекты, направления работ, разрабатывались новые технологии контроля, расширялось поле деятельности как в научно- техническом, так и в географическом направлениях.

Создавались филиалы компании в Нижнем Новгороде, Самаре, Томске.

Однако рыночные условия быстро менялись, особенно в последние годы. От компании требовалось находить все более сложные технические и технологические решения.

Отвечая этим требованиям, компания успешно развивала свою деятельность в соответствии с требованиями рынка услуг как на локальном, так и региональном уровнях.

В компании работают высокопрофессиональные специалисты, в числе которых академики, доктора и кандидаты технических наук, специалисты по методам неразрушающего контроля II и III уровней, специалисты, включенные в реестр НОПРИЗ и НОССТРОЙ, эксперты по промышленной безопасности, в том числе, с правом расчета остаточного ресурса, благодаря которым компания предоставляет надежный и стабильно высокий уровень услуг.